La liste des sites Natura 2000 en Ile-de-France
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| Nom du site Natura 2000 et code | Département | Superficie (ha) | Principaux milieux concernés |
| Massif de Villefermoy Directive Oiseaux FR1112001 |
77 | 4790 | massifs forestiers (80%) |
| Boucles de la Marne Directive Oiseaux FR11122003 |
77 | 2641 | cours d’eaux et eaux douces intérieures (35%), massifs forestiers (20%), pelouses sèches et landes (8%), zones humides (5%) |
| La Bassée Directive Habitats FR1100798 |
77 | 1403 | massifs forestiers (75%), zones humides (8%), cours d’eaux et eaux douces intérieures (5%) |
| La Bassée et plaines adjacentes Directive Oiseaux FR11122002 |
77 | 27 643 | massifs forestiers (50%), cours d’eau et eaux douces intérieures (20%), zones humides (1%) |
| Basse vallée du Loing Directive Habitats FR1100801 |
77 | 76,84 | zones humides (70%), pelouses sèches et landes (5%) |
| L’Yerres de sa Source à Chaumes-en-Brie Directive Habitats FR1100812 |
77 | 18 | cours d’eau et eaux douces intérieures (100%) |
| Le Petit Morin de Verdelot à Saint-Cyr-sur-Morin Directive Habitats FR1100814 |
77 | 3 590 | cours d’eau et eaux douces intérieures, milieux agricoles, prairiaux et boisements |
| Bois de Vaires-sur-Marne Directive Habitats FR1100819 |
77 | 96,63 | massifs forestiers (100%) |
| Rivière du Dragon Directive Habitats FR1102004 |
77 | 24,26 | cours d’eau et eaux douces intérieures (100%) |
| Rivières du Loing et du Lunain Directive Habitats FR1102005 |
77 | 400 | cours d’eau et eaux douces intérieures (100%) |
| Bois des Réserves, des Usages et de Montgé Directive Habitats FR1102006 |
77 | 863 | massifs forestiers (85%) |
| Rivière du Vannetin Directive Habitats FR1102007 |
77 | 63,3 | cours d’eau et eaux douces intérieures (100%) |
| Sites à chiroptères de Darvault, Mocpoix et Saint-Nicolas Directive Habitats FR1102009 |
77 | 37,36 | grottes, cavités, carrières (100%) |
| Massif de Fontainebleau Directive Habitats FR1100795 |
77 - 91 | 28,063 | pelouses sèches et landes (8%), massifs forestiers (90%), zones humides (2%) |
| Massif de Fontainebleau Directive Oiseaux FR1110795 |
77 - 91 | 28 092 | pelouses sèches et landes (8%), massifs forestiers (90%), zones humides (2%) |
| Haute vallée de l’Essonne Directive Habitats FR 1100799 |
91 - 77 | 971 | pelouses sèches et landes (35%), massifs forestiers (29%), zones humides (6%) |
| Marais des basses vallées de la Juine et de l’Essonne Directive Habitats FR1100805 |
91 | 397 | massifs forestiers (60%), zones humides (20%), cours d’eau et eaux douces intérieures (20%) |
| Marais d’Itteville et de Fontenay-le-Vicomte Directive Oiseaux FR1110102 |
91 | 522 | cours d’eau et eaux douces intérieures (30%), zones humides (30%) |
| Champignonnières d’Etampes Directive Habitats FR1100810 |
91 | 1 | grottes, cavités, carrières (100%) |
| Buttes gréseuses de l’Essonne Directive Habitats FR1100806 |
91 | 24,56 | massifs forestiers (70%), pelouses sèches et landes (20%) |
| Pelouses calcaires de la haute vallée de la Juine Directive Habitats FR1100800 |
91 | 103 | pelouses sèches et landes (100%) |
| Pelouses calcaires du Gâtinais Directive Habitats FR1100802 |
91 | 310 | pelouses sèches et landes (73%), massifs forestiers (25%) |
| Massif de Rambouillet et zones humides proches Directive Oiseaux FR1112011 |
78 - 91 | 17 110 | massifs forestiers (88%), pelouses sèches et landes (4%), zones humides (3%) |
| Forêt de Rambouillet Directive Habitats FR1100796 |
78 | 1991 | massifs forestiers (86%), pelouses sèches et landes (7%), zones humides (5%) |
| Tourbières et prairies tourbeuses de la forêt d’Yveline Directive Habitats FR1100803 |
78 | 820 | massifs forestiers (89%), zones humides (10%) |
| Etang de Saint-Quentin Directive Oiseaux FR1110025 |
78 | 87 | cours d’eau et eaux douces intérieures (60%), zones humides (20%), pelouses sèches et landes (20%) |
| Carrière de Guerville Directive Habitats FR1102013 |
78 | 79,89 | grottes, cavités, carrières (55%), pelouses sèches et landes (35%) |
| Boucles de Moisson, de Guernes et de Rosny Directive Oiseaux FR1112012 |
78 - 95 | 6 033 | massifs forestiers (33%), cours d’eau et eaux douces intérieures (17%), pelouses sèches et landes (12%), zones humides (5%) |
| Vallée de l’Epte francilienne et ses affluents Directive Habitats FR1102014 |
95 - 78 | 3 187 | massifs forestiers (45%), pelouses sèches et landes (20%), zones humides (10%), cours d’eau et eaux douces intérieures (5%) |
| Sites chiroptères du Vexin français Directive Habitats FR112015 |
95 - 78 | 22,06 | grottes, cavités, carrières (100%) |
| Coteaux et Boucles de la Seine Directive Habitats FR1100797 |
78 - 95 | 1 417 | massifs forestiers (53%), pelouses sèches et landes (40%) |
| Forêts picardes : massif des trois forêts et Bois du Roi Directive Oiseaux FR2212005 |
95 | 1 277 en Ile-de-France | massifs forestiers (95%) |
| Sites de la Seine-Saint-Denis Directive Oiseaux FR1112013 |
93 | 1157 | massifs forestiers (55%), zones humides (6%), cours d’eau et eaux douces intérieures (5%) |